Terkait dengan fungsi penelitian dan pengabdian sebagai penanganan masalah,maka arah dan peta jalan penelitian dan pengabdian UNEJ telah berorientasi pada skema riset strategis nasional yang memiliki 10 (sepuluh) fokus isu strategis sebagaimana yang terlihat pada penelitian unggulan, penguatan, dan penelitian pembinaan dalam RIPP UNEJ. Fokus penelitian ketahanan dan pertanian industrial telah dipilih sebagai penelitian unggulan UNEJ agar dapat memberikan kontribusi pada pembangunan dan memecahkan permasalahan yang dihadapi bangsa Indonesia pada masa kini dan masa mendatang. Fungsi penelitian dalam pengembangan IPTEKS diarahkan pada pengembangan ilmu sebagaimana termuat dalam RIPP UNEJ yang tersebar pada lima rumpun bidang ilmu, yakni:
- Rumpun Ilmu Pertanian
- Rumpun Ilmu MIPA dan Keteknikan
- Rumpun Ilmu Kesehatan
- Rumpun Ilmu Pendidikan
- Rumpun Ilmu Sosial dan Humaniora
Universitas Jember mengelompokan penelitian menjadi 3 (tiga ) kategori penelitian, yaitu:
- Penelitian Dasar
- Penelitian Terapan
- Penelitian Pengembangan