Rencana Induk Penelitian (RIP) Universitas Jember (UNEJ) disusun sejalan dengan tujuan desentralisasi penelitian yaitu:
1) Untuk merumuskan penelitian unggulan di perguruan tinggi
2) meningkatkan daya saing perguruan tinggi di bidang penelitian
3) meningkatkan angka partisipasi dosen dalam melaksanakan penelitian
4) meningkatkan kapasitas pengelolaan penelitian di perguruan tinggi.

RIP UNEJ disusun berdasarkan Renstra Universitas sebagai suatu arahan strategi untuk mencapai kondisi ideal pengembangan institusi.
RIP UNEJ merupakan sarana strategis dalam pengelolaan dan penyelenggaraan pengembangan riset unggulan institusi sesuai dengan visi dan misi UNEJ serta Agenda Riset Strategis Nasional.

Berdasarkan visi UNEJ potensi (kondisi internal dan eksternal) yang ada, permasalahan yang dihadapi, dan perubahan lingkungan IPTEKS yang terus berkembang, menjadi pertimbangan dalam menyusun RIP UNEJ.

Tujuan dan sasaran penelitian yang akan dicapai lima tahun ke depan sesuai dengan fokus penelitian (tiga fungsi utama riset PT) dirumuskan dalam rangkaian strategi meliputi; 1) isu strategis; 2) konsep, pemikiran, pemecahan; 3) topik penelitian yang diperlukan; dan 4) kompetensi keahlian atau keilmuan yang dibutuhkan. Agar pencapaian tujuan dan sasaran dapat terukur maka ditetapkan Indikator Kinerja Utama Penelitian (IKUP).

Strategi dan sinergi dari RIP UNEJ selanjutnya disajikan ke dalam bentuk peta jalan (road map) yang mencakup ragam aktivitas berkenaan RIP UNEJ, topik penelitian, tujuan dan sasaran penelitian dalam kurun waktu lima tahun. Tema pokok penelitian UNEJ Tahun 2016-2020 dikembangkan searah dengan visi UNEJ yaitu: menjadi universitas unggul dalam pengembangan sains, teknologi, dan seni, berwawasan lingkungan, bisnis, dan pertanian industrial. Oleh karena itu,
selaras dengan visi UNEJ maka fokus dan unggulan penelitian UNEJ diarahkan pada pengembangan pertanian industrial, perkebunan, dan pangan yang berwawasan bisnis dan lingkungan.

Adapun spirit dari penyelenggaraan RIP UNEJ adalah melalui sebuah motto, yaitu: “Innovation for a better society”. Terkait dengan fungsi penelitian sebagai penanganan masalah, maka arah dan peta jalan penelitian di UNEJ telah berorientasi pada skema riset strategis nasional yang memiliki 12 (dua belas) fokus isu strategis sebagaimana yang terlihat pada penelitian unggulan, penguatan, dan penelitian pembinaan dalam RIP UNEJ.

Untuk lebih memfokuskan baik sumber daya manusia (SDM) maupun sumber dana, serta meningkatkan kompetensi dan daya saing Universitas,ditentukan tema riset unggulan, yaitu :

1. Pengembangan kopi rakyat menuju sistem organik guna meningkatkan
kesejahteraan masyarakat
2. Pengembangan kakao rakyat berfermentasi guna meningkatkan kesejahteraan nasional
3. Pengembangan bioteknologi tebu sebagai sumber karbon dan energi terbarukan
4. Agroindustri berbasis singkong untuk pemerataan pembangunan dan ketahanan pangan nasional
5. Perakitan varietas padi unggul berbasis sumber daya genetis lokal
6. Budaya Using, Pandalungan, dan Tengger untuk produktivitas dan kesejahteraan masyarakat
7. Teknologi Maju untuk Pendukung Industri Pertanian dan Kesahatan
8. Inovasi dan pengembangan teknologi kemaritiman untuk peningkatan
kesejahteraan masyarakat maritim
9. Keberlanjutan Pengelolaan Sumberdaya Alam di Wilayah Tapal Kuda Jawa Timur